San Giovanni Suergiu si trova nel Sulcis, a circa 70 km a ovest di Cagliari e a circa 5 a sud di Carbonia. Dal punto di vista morfologico il territorio è pianeggiante, il comune si trova infatti nella piana che termina nella vicina laguna di Sant’Antioco (alcune frazioni, come Matzaccara e Santa Caterina, sorgono proprio a ridosso di essa). Gli unici rilievi che si riscontrano nel territorio comunale si trovano a nord est dell’abitato, al confine con Carbonia: questi colli, come il monte Suergiu e il monte Sirimagus si attestano a una quota inferiore ai 400 metri di altezza.Tra i fiumi da segnalare il rio Palmas, che sfocia non lontano dalle saline di Sant’Antioco. San Giovanni Suergiu vanta un bel tratto di costa, in particolare potrai goderti la sabbia morbida e il mare cristallino delle spiagge di Porto Botte e di punta Trettu e il litorale di s’Aqua Salida e sa Terredda. Il territorio fu abitato da era prenuragica, come testimonia la necropoli di is Loccis Santus, composta da 13 domus de Janas. Le attestazioni nuragiche sono innumerevoli: tombe di Giganti, pozzi sacri, tre nuraghi complessi e numerosi altri monotorre. Le massime espressioni sono i nuraghi di is Meurras e l’imponente complesso di Craminalana, vicino al quale sorgono tombe di Giganti (e postazioni contraeree della seconda guerra mondiale). La frequentazione del territorio proseguì successivamente: a sa Guardiedda, sulla laguna fra Sulki e Monte Sirai, di età fenicio-punica, rimane un attracco, oggi visibile.